华南地区进口数字PCR原理

时间:2023年03月01日 来源:

数字PCR技术流分类目前,dPCR的基本方法都已经建立,根据反应单元的不同形式,主要可分为微板式、微腔式和和微滴式三大类系统。微液滴制备的方法,目前主流的有四种:1)芯片微孔物理分割法,俗称物理分隔法,公司有Fluidgm,Qiagen,Roche,ThermoFisher,;2)液滴分割法,俗称油包水,代替公司有Bio-Rad;3)杂交式芯片液滴法,公司有Stilla;4)注射振动制滴法。PS:芯片式物理分割技术所有已经过期,目前有不少公司在这个技术的基础上进行开发,例如罗氏。数字以灵敏度和准确度测量突变的变异程度、检测稀有的DNA靶拷贝以及解析拷贝数变
异状态。华南地区进口数字PCR原理

ThermoFisherQuantStudio3D是另一个经典的芯片式数字PCR平台,其基本的检测流程是:将反应液加入到涂布器中,通过涂布器将反应液均匀涂布在有20000个微孔的芯片上,将芯片放在PCR仪上扩增,将芯片放入读取仪中采取拍照的方式读取荧光信号。操作较为复杂,整个过程在封闭的芯片中进行,污染的风险较低。STILLANaica是一个较新的数字PCR平台,基本的检测流程是:将反应液加入芯片,将芯片放入微滴生成扩增系统,生成30,000个微滴单层平铺于芯片中,PCR扩增在芯片上完成。然后将扩增后的芯片转移至微滴阅读分析系统,采取拍照的方式读取荧光信号。由于整个过程在封闭的芯片中进行,污染的风险较低。美国微滴式数字PCR生命科学用品国产dPCR企业在上述应用领域不断与伯乐、赛默飞、罗氏、凯杰、因美納等头部企业展开竞争,抢占市场份额。

引物设计(DesignPrimers):引物长度(PrimerLength):18-25个碱基之间。短的引物更易于同靶序列结合,但过短的引物也更可能同基因组上的多个区域相结合而产生非特异性扩增产物。更长的引物会提高同靶序列结合的特异性,但过长的引物(>30bp)同靶序列结合速度变慢,降低结合率。引物长度和组成直接影响引物Tm值(PrimerMeltingTemperature)和退火温度(AnnealingTemperatures)。引物的组成——GC%含量(GCContent):指引物总碱基中G和C碱基数量的百分比,该值应在40-60%之间。如果模板序列的GC含量较高,推荐使用较高Tm值的引物。

了解泊松分布,我们先要从二项式分布说起,二项式分布是一个离散概率分布,它给出了m次试验中k次成功的可能性,每次试验的概率为p,例如当掷骰子时,二项分布给出了在10次试验中恰好有7次掷出4的概率。在数字PCR的情况中,投掷骰子类似于将一个目标实体随机“投掷”到一组分区中,当目标落在选定的分区中时,就是成功。如果有n个分区,并且分区过程是完全随机的,则目标出现在所选分区中的概率为1/n。该试验重复m次,样品中的每个分子一次。如下所示的二项式分布给出了k个成功的概率,即所选分区恰好包含k个分子的概率。数字PCR通常采用大量分区。当n很大,并且尝试成功的概率(1/n)很小时,二项分布可以近似为泊松分布。通过数字PCR技术可建立多重荧光体系,用于同时检测比如非小细胞中常见的MET和HER2耐药扩增。

由于现有的商业化数字PCR设备在物理上只设置了2个检测通道,所以存在一个明显的短板:不能同时进行多个位点的检测。在样品多位点的检测中,就需要更多的起始样品,但临床上组织的样品非常有限。相比之下荧光定量PCR仪上就很容易实现多重检测。为了考察利用数字PCR实现多重检测的可能性,英国TheInstituteofCancerResearch的研究人员以非小细胞肺相关的KRAS基因为检测对象,在Bio-Rad的数字PCR系统上通过3个三重ddPCR检测体系来实现9个KRAS突变位点的检测。在患者术后复发检测中,数字PCR评估出的ctDNA阳性,可以早于影像学数月提前揭示出患者复发。华南地区国产数字PCR性能特点

数字PCR应用前景广阔,可用于病原微生物检测、基因检测、无创产前筛查、测序结果验证等领域。华南地区进口数字PCR原理

全自动样本制备系统DMX-1000配备气流发生装置和气压控制装置,能够实现高精度压力控制,结合**产品液滴生成芯片和微流控乳液滴生成技术,DMX-1000可以在70秒内快速、稳定、高效地生成大小均一的微乳液滴。微滴数量可达2万-60万个,粒径范围30-120μm,性能稳定。除此之外,锐讯还提供微流控芯片的定制服务,以满足不同的液滴数目和尺寸要求。平板式快速扩增仪TC-1000,不再使用传统的96孔板,而是特制的液滴扩增芯片;不再是传统的“烧开水”加热模式,代之以平板式单液滴层均匀受热的方式。在这样的改进之下,TC-1000完成40个PCR循环只需约45分钟(TC-2.0升级版更是把时间缩短到了25分钟!),大幅缩短了等待时间,提升了实验进度。这对实验人员而言,无疑是莫大的福利——高效完成工作,不加班——爱工作,也爱生活。华南地区进口数字PCR原理

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